Мозъчните области, които играят важна роля в системата за ориентиране, са горната теменна кора и темпорално-теменната връзка (виж Фигура 1). Горната париетална кора се активира по време на реалното насочване на вниманието към нещо във физическото или менталното пространство. Често има съвместно активиране с област на фронталния кортекс (кора), отговорна за контролиране на движенията на очите (фронтални очни полета). Това е така, защото често насочваме погледа си към тези неща, към които насочваме вниманието си. Темпорално-теменната връзка играе роля в „изключването“ на нашето внимание, така че то да може да бъде пренасочено към нова или друга подходяща информация. Невротрансмитерът, който изглежда играе важна роля в системата за ориентиране, е ацетилхолин (ACh). Клъстерът от неврони, който отговаря за производството и освобождаването на ацетилхолин, също се намира в мозъчния ствол (виж Фигура 3).