Οι περιοχές του εγκεφάλου που παίζουν σημαντικό ρόλο στο σύστημα προσανατολισμού είναι ο άνω βρεγματικός φλοιός και η κροταφική-βρεγματική συμβολή (βλ. Εικόνα 1). Ο ανώτερος βρεγματικός φλοιός ενεργοποιείται κατά την πραγματική κατεύθυνση της προσοχής σε κάτι στον φυσικό ή διανοητικό χώρο. Συχνά υπάρχει συν-ενεργοποίηση με μια περιοχή του μετωπιαίου φλοιού που είναι υπεύθυνη για τον έλεγχο των κινήσεων των ματιών (Frontal Eye Fields). Αυτό συμβαίνει επειδή συχνά στρέφουμε τα μάτια μας προς τα πράγματα στα οποία κατευθύνουμε την προσοχή μας. Η χρονική-βρεγματική συμβολή παίζει ρόλο στην «απεμπλοκή» της προσοχής μας, ώστε να μπορεί να μετατοπιστεί σε νέες ή άλλες σχετικές πληροφορίες. Ο νευροδιαβιβαστής που φαίνεται να παίζει σημαντικό ρόλο στο σύστημα προσανατολισμού είναι η Ακετυλοχολίνη (ACh). Το σύμπλεγμα νευρώνων που είναι υπεύθυνοι για την παραγωγή και την απελευθέρωση της ακετυλοχολίνης βρίσκεται επίσης στο εγκεφαλικό στέλεχος (βλ. Εικόνα 3).